La Colección Antigua del IHNCA-UCA, compilada por la Compañía de Jesús en Nicaragua, incluye 1,164 obras publicadas entre los siglos XVI y XIX. Entre las obras, 40 son libros raros, destacando el Thesaurus bibliorum (1577) y una copia del incunable Arte en lengua mixteca. Predominan las temáticas religiosas en latín y español hasta el siglo XVIII. En el siglo XIX, la colección incluye obras en español e inglés sobre viajeros, discursos, coronas fúnebres, el canal por Nicaragua, la Guerra Nacional, legislación y límites territoriales. La colección se ha enriquecido con títulos de la biblioteca del Padre Álvaro Argüello, S.J.
La colección está clasificada, catalogada, indizada y automatizada. Se han implementado las Reglas de Catalogación (RCAA-2), reglas propias de la descripción de documentos antiguos, vocabulario controlado, listas de encabezamientos de materia, el sistema de clasificación decimal Dewey y el sistema automatizado de gestión de bibliotecas Koha, asegurando que cada documento tenga su correspondiente registro.
A pesar de su antigüedad la colección está en buen estado de conservación con excepción de algunos ejemplares que presentan deterioro y se han ubicado en cajas libres de acidez para ralentizar su deterioro. Los documentos están dispuestos en estanterías metálicas, lo que permite apreciar los materiales de encuadernación que varían, desde pergamino hasta piel con hierro y cuero.
Esta valiosa colección se encuentra resguardada en el depósito destinado a Colecciones Jesuitas, equipado para mantener condiciones estables que regulan luz, temperatura y humedad. El acceso a estos espacios es controlado y sólo personal autorizado puede manipular los materiales con el debido cuidado. La colección está disponible para consulta en la Sala de Libros Raros, accesible a investigadores, docentes y estudiantes bajo supervisión, de acuerdo con las normas de preservación y políticas de consulta aplicables a este tipo de documentos.