Todas las colecciones están resguardadas en depósitos adecuados para almacenar documentos, equipados para controlar la luz, temperatura y humedad. El mobiliario se adapta a cada formato y tipología, utilizando cajas libres de acidez para los documentos deteriorados. Según su tipología, los documentos se catalogan con RCAA-2 o ISAD-G, se indizan con listas de encabezamientos de materias y vocabulario controlado desarrollado por el equipo técnico del IHNCA, y se clasifican utilizando el sistema Dewey u otros sistemas de clasificación.
Cada documento tiene su registro automatizado en el catálogo en línea, P. Álvaro Argüello, S.J., un sistema de gestión de bibliotecas de código abierto que utiliza el formato MARC21. Esta estandarización de metadatos permite compartir información con otras bibliotecas que usan el mismo formato. Eventualmente, se hacen extracciones en formato CSV de los registros almacenados en el catálogo y se convierten en hojas de cálculo como respaldo. Actualmente, estos respaldos se utilizan para mostrar los inventarios. Los registros presentados datan del 2022.
Las colecciones se organizan según criterios de tipología documental, soporte y procedencia en:
- Colecciones Especiales: bibliotecas particulares, documentos textuales no editados, fotografías, mapas, afiches, archivos sonoros, audiovisuales y objetos museables.
- Colecciones Jesuitas: documentos diversos en tipología y soporte que, por su procedencia, testimonian el arduo trabajo de los padres jesuitas, quienes han generado, recopilado y preservado valiosos conjuntos documentales, patrimonio de la Compañía de Jesús.
- Colección Nacional: libros y publicaciones periódicas.